→ ადმინისტრაციული სამმართველო
→ ანალიზისა და მონიტორინგის სამმართველო
→ გაფორმების ეკონომიკური ზონები

→ მონიტორინგის სამმართველო
→ ანალიზის, დაგეგმვისა და სამართლებრივ საკითხთა სამმართველო
→ სასაქონლო-მატერიალური მარაგების ექსპერტიზის განყოფილება
→ რეგიონალური სამმართველოები
→ მიმდინარე კონტროლის სამმართველო

→ პირადი საგადასახადო აგენტების სამმართველოს (30.12.2011 N12348)
→ გადამხდელთა მომსახურების სამმართველო
→ ინფორმაციის დამუშავების სამმართველო
→ საინფორმაციო-საკონსულტაციო სამმართველო
→ იძულებითი ღონისძიებების სამმართველო

→ აუდიტის საქმისწარმოების სამმართველო
→ შემოწმების მთავარი სამმართველო
→ რისკების მართვის სამმართველო
→ ალტერნატიული აუდიტის მართვის სამმართველო
→ ხარისხის კონტროლის სამმართველო
→ საგადასახადო მონიტორინგის სამმართველო

→ ლოჯისტიკის სამმართველო
→ ანალიზისა და მეთოდოლოგიის სამმართველო
→ მონიტორინგისა და რისკების მართვის სამმართველო
→ სანიტარიული, ფიტოსანიტარიული და არასატარიფო ღონისძიებების სამმართველო
→ პორტალები

→ საფინანსო სამმართველო
→ შესყიდვების სამმართველო
→ სამეურნეო სამმართველო
→ საქმისწარმოების სამმართველო
→ საარქივო სამმართველო